1998年，北京市某建筑企业（以下简称建筑公司）中标与工程建设方（以下简称甲方）签订了某大型社区内一大型建设项目的《北京市建设工程施工合同》，并向北京市建委建设工程施工合同管理部门办理了施工合同备案手续。但项目甲方在取得开工证后，突然向建筑公司抛出一个“工程施工合同补充修改条款”。根据这个条款，中标价比原合同减少了42.3%，而工期却压缩了30.73%！在甲方“不签‘补充条款’就不给已签订的《北京市建设工程施工合同》”的要挟下，建筑公司被迫在其格式文本上签字、盖章。
1999年8月，工程竣工经验收合格交付使用，但甲方以种种理由欠付工程款1000多万元。几经交涉无果，建筑公司遂向北京仲裁委员会提起仲裁。 建筑公司的仲裁申请要求依据双方签订的《北京市建设工程施工合同》结算工程款，而甲方却坚持以“工程施工合同补充修改条款”为依据结算，并提出：“双方签订‘补充修改条款’是自愿的，是双方当事人真实意愿的表示”。究竟应按哪个合同结算工程款，成了双方争论的焦点。
建筑公司认为：建筑公司与甲方“依据招标文件签订并报备案的《北京市建设工程施工合同》业经市建委审查为合法有效文件，也是本案仲裁审理确定双方权利义务的根本依据”。而甲方为规避法律自行制定的所谓“补充修改条款”于法相悖，违反程序，应为无效条款，并进一步提出了法律依据：“补充修改条款”改变依法经招标而确认的中标的结果，特别是改变中标价。其条款完全背离有关招投标的法律规定；“补充修改条款”更改双方根据招投标文件订立并备案的施工合同实质性内容，于法相悖；“补充修改条款”在程序上违反了北京市《建设工程施工合同管理办法》实施办法的相关规定。 经过双方激烈的举证、质证和辩论，仲裁委最终采信了建筑公司关于应按“阳合同”结算的要求。2002年8月2日，北京仲裁委员会作出裁决，要求甲方按照双方签订的《北京市建设工程施工合同》所载内容，在30日内支付建筑公司工程款14088344.76元，并支付索赔费用399018元。
本案的解决，维护了建筑公司的合法权益，也引起了最高人民法院的高度重视。经过大量的调查、研讨、分析和广泛征求意见，最高人民法院拟起草相关司法解释。2004年10月最高人民法院公布了《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》。该解释第二十一条明确规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”。自此，解决“阴阳合同”等建设工程施工合同的纠纷，有了较为明确、具体的法律依据。
