在商转公贷款的整个办理流程中，申请人在向原贷款行申请办理提前还款或全部结清时，原贷款银行可能会按照合同中约定收取提前还款违约金。公积金贷款审批完成后，需申请人自行落实贷款担保手续。
原商业性住房按揭贷款银行为住房公积金贷款受托银行或与公积金中心建立了商转公合作关系的商业银行，无需结清原商业性住房按揭贷款，可直接在原所购住房抵押登记不注销的基础上，办理顺位抵押，再发放商转公贷款。
原商业性住房按揭贷款银行不是住房公积金顺位抵押合作银行的，申请人可通过自筹资金结清原贷款、向商业银行申请赎楼贷款业务结清原贷款、向专业担保公司申请现金赎楼业务结清原贷款后办理原所购房产的抵押担保手续，上述第二种和第三种方式中会产生支付给担保公司的赎楼担保费和支付给商业银行的赎楼利息等中间费用。
